Por Enzo Curado 
Dos perros mapaches en un mercado chino. Se encontró ADN de esta especie en muestras positivas de SARS-CoV-2 tomadas del mercado de Huanan, donde se cree que se propagó el COVID-19. Crédito: Greg Baker/AFP vía Getty
Perros mapaches, ratas de bambú, civetas de palma: estos son solo algunos de los animales cuyo ADN se encontró en hisopos tomados del mercado mayorista de mariscos de Huanan en Wuhan, China, que se ha relacionado con el origen de la pandemia de COVID-19. Los hisopos también dieron positivo para SARS-CoV-2, que causa la enfermedad. El análisis, publicado el 20 de marzo en el repositorio de investigación Zenodo1, proporciona evidencia que respalda la hipótesis de que el SARS-CoV-2 se propagó de animales a humanos en el mercado, dicen algunos investigadores.
“Por supuesto, esto no es evidencia directa”, dice Leo Poon, virólogo de la Universidad de Hong Kong, “pero es lo mejor que podemos obtener en este momento porque todos los animales han sido eliminados del mercado y no tenemos tener muestras de los animales.
El 16 de marzo, el Atlántico reportada por primera vez en el análisis. La publicación de Zenodo, que no ha sido revisada por pares, es la primera vez que se publica el trabajo completo, lo que podría allanar el camino para estudios de seguimiento, como una investigación sobre el origen de los animales en el mercado que podría ayudar a identificar el inicio de la pandemia.
Los hisopos se recolectaron a principios de 2020 después de que el mercado cerrara y se quedara sin productos animales.
Particularmente notable fue el ADN mitocondrial del perro mapache encontrado en seis muestras de dos corrales. Estos pequeños animales parecidos a zorros son susceptibles al SARS-CoV-2 y pueden transmitir la infección a otros perros mapaches sin mostrar signos claros de enfermedad2. También se ha descubierto que los perros mapaches y las civetas de las palmas tienen infecciones por virus casi idénticos al que causa el síndrome respiratorio agudo severo, que está relacionado con el SARS-CoV-2 y que provocó un brote en personas en 2003. Y trabajar en la palma -células de civeta indica que las criaturas pueden infectarse con el SARS-CoV-23.
Los investigadores estaban buscando evidencia de mamíferos, que podrían haber sido huéspedes intermedios del virus. Identificaron secuencias de ADN mitocondrial casi completas, cada una de aproximadamente 16,000 pares de bases de largo, para cinco especies, incluidos los perros mapaches (Nyctereutes procyonoides), puercoespín malayo (hystrix brachyura), erizo de Amur (Erinaceus amurensis), civeta de palma enmascarada (Paguma larvata) y rata de bambú (Rhizomys pruinosus). “Es extraordinario tener una lista”, dice el coautor del estudio Alex Crits-Christoph, quien es biólogo computacional en una organización sin fines de lucro y vive en Baltimore, Maryland.
Los estudios sugieren que un progenitor del SARS-CoV-2 probablemente se originó en los murciélagos, pero no está claro cómo pasó de los murciélagos a las personas. Los científicos sospechan que un huésped intermedio está involucrado, pero no han encontrado evidencia sólida, lo que ha llevado a especular que el virus podría haberse filtrado, deliberada o accidentalmente, de un laboratorio en Wuhan.
El nuevo estudio no confirma si los propios animales estaban infectados con el virus. Pero establecer que había animales en el mercado sugiere que la pandemia puede tener orígenes animales, dicen algunos investigadores.
Otros son más cautelosos al sacar tales conclusiones del análisis. El trabajo confirma qué especies animales estaban en el mercado, pero debido a que solo incluye muestras que dieron positivo, “no hay datos en este trabajo que asocien el SARS-CoV-2 con la presencia de alguno de estos animales”, dice Justin Kinney. un biólogo cuantitativo en el Laboratorio Cold Spring Harbor en Nueva York.
“Estos datos no brindan una respuesta definitiva a la pregunta de cómo comenzó la pandemia”, dijo Tedros Adhanom Ghebreyesus, director general de la Organización Mundial de la Salud (OMS), en un evento de prensa el 17 de marzo, luego de haber sido informado anteriormente del comunicado. del informe “Pero todos los datos son importantes para acercarnos a esa respuesta”, dijo.
aparición y desaparición
Los hisopos se mencionaron por primera vez en un artículo preliminar de George Gao4, exdirector del Centro Chino para el Control de Enfermedades (China CDC) y colegas, publicado en Research Square en febrero de 2022. Los investigadores solicitaron que estos datos se hicieran públicos en varias ocasiones, sin éxito.
Pero Florence Débarre, bióloga evolutiva del Centro Nacional de Investigación Científica de Francia, coautora del último informe, descubrió los datos casi por casualidad en el repositorio de datos públicos de GISAID el 4 de marzo. “Básicamente, [they’re] los que esperábamos hace un año”, dice.
En total, Débarre y sus colegas descargaron alrededor de medio terabyte de datos genómicos de unas 50 muestras. Los datos incluyeron casi todos los hisopos tomados de desagües, puestos de mercado y suelo entre enero y febrero de 2020 que dieron positivo por SARS-CoV-2. “Estamos hablando de millones y millones de lecturas de secuenciación”, dice Crits-Christoph.
Pero poco después de que los investigadores descargaran los datos, desaparecieron de la vista pública en GISAID.
En un correo electrónico a Naturaleza, un vocero de GISAID dijo que no borra registros, pero que los contribuyentes actualizan frecuentemente sus registros, lo que los hace “temporalmente invisibles”. Los datos del hisopo del mercado “se están actualizando con datos más nuevos y adicionales como parte de un manuscrito actualmente en revisión”. (El artículo de Gao está marcado como ‘en revisión’ en Nature Portfolio. NaturalezaEl equipo de noticias de Nature es independiente de su editorial Springer Nature, que publica las revistas Nature Portfolio).
Débarre y sus colegas dicen que se comunicaron con los autores de la versión preliminar y los CDC de China para colaborar en el análisis, pero los CDC de China se negaron. El 14 de marzo, sus colegas, así como miembros del CDC de China, presentaron su trabajo a la OMS en una reunión del Grupo Asesor Científico sobre los Orígenes de Nuevos Patógenos, el organismo encargado de investigar brotes que incluyen los orígenes del SARS-CoV. -2. .
En la conferencia de prensa de la OMS del 17 de marzo, Tedros instó a los investigadores de los CDC de China a ser transparentes al compartir datos. “Estos datos podrían y deberían haberse compartido hace tres años”, dijo.
Gao no respondió Naturalezasolicitudes de comentarios.
Débarre reconoce que tomó mucho tiempo compartir estos datos, pero reconoce el trabajo de secuenciación y muestreo ambiental realizado por los CDC de China. “Hicieron lo que había que hacer”, dice ella. “No tendríamos estos datos si no fuera por su trabajo”.
correspondencia salvaje
Estudios previos han encontrado que las ratas de bambú chinas (Rhizomys sinensis) y perros mapaches se vendieron en el mercado de Huanan entre mayo de 2017 y noviembre de 20195, y que varios puestos probablemente vendían mamíferos vivos o recién sacrificados u otros productos cárnicos6. Los datos confirman que “exactamente lo que pensábamos que había en el mercado, lo había en el mercado”, dice el coautor del estudio Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California en San Diego.
La mayoría de las muestras positivas para SARS-CoV-2 y la mayoría de las muestras que contenían ADN de animales salvajes se encontraron en la misma área, lo que, según Poon, “respalda la hipótesis de que quizás el virus provino de animales”. Muchos hisopos positivos de la sección este del mercado contenían ADN humano, lo que sugiere que hubo alguna transmisión de persona a persona en el mercado a principios de 2020, dice Poon.
En una muestra de un carro usado para mover jaulas, los investigadores encontraron material que coincidía con el genoma del perro mapache y muy poco con el genoma humano. “La hipótesis más lógica es que los perros mapaches se infectaron con el SARS-CoV-2 y propagaron el virus”, dice Poon.
Pero es posible que el sitio estuviera contaminado con ARN del SARS-CoV-2 de otras fuentes. “No hay evidencia de que el virus provenga de un perro mapache infectado; fácilmente podría haber venido de una persona infectada”, dice Kinney.
Se necesitan más datos
Mucha más información forense podría provenir de los datos si se hicieran públicos nuevamente, dice Crits-Christoph. Por ejemplo, al observar la proporción de ARN a ADN para diferentes especies animales, los investigadores podrían determinar cuánto tiempo habían estado esos animales en el mercado, porque el ADN generalmente persiste en el medio ambiente por más tiempo que el ARN. Pero se necesitan más detalles sobre cómo se recolectaron, procesaron y secuenciaron las muestras, dice Wertheim.
Un estudio cuidadoso de los datos de ARN podría determinar si los animales en el mercado estaban enfermos, agrega Crits-Christoph. Parece que las criaturas estaban “en estado de enfermedad o en estado de salud”. él pide. “Hay todo tipo de preguntas maravillosas y complejas en los datos”.
Hay más datos que aún no se han compartido, incluidos hisopos ambientales que dieron negativo para SARS-CoV-2. Es importante analizar esos datos para tener una mejor idea de lo que estaba pasando en el mercado, dice Wertheim.
Germán Ordoñez 
Eldys SM