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Por qué algunos investigadores se oponen al intercambio ilimitado de datos del genoma del coronavirus

Por qué algunos investigadores se oponen al intercambio ilimitado de datos del genoma del coronavirus

El microbiólogo Christian Happi trabaja en el laboratorio del Centro Africano de Excelencia en Genómica de Enfermedades Infecciosas en Ede, Nigeria. Crédito: ACEGID

«Me quedé despierto toda la noche», dice Nnaemeka Ndodo, bioingeniero molecular del Centro de Control de Enfermedades de Nigeria (CDC) en Abuja. Secuencia de genomas de coronavirus durante el día y luego analiza y carga los resultados a una base de datos en línea por la noche, trabajando incansablemente junto a sus colegas. «No sabemos el sábado, no sabemos el domingo», dice.

Los investigadores de todo el mundo se apresuran a detectar variantes del coronavirus SARS-CoV-2 para poder determinar si los virus mutantes escaparán de las vacunas o harán que COVID-19 sea más mortal. Como muchos científicos, Ndodo comparte flujos del genoma del SARS-CoV-2 en un depósito de datos popular, GISAID, que requiere que los usuarios inicien sesión y den crédito a aquellos cuyos datos analizan.

Pero una facción creciente de científicos, principalmente de países ricos, argumenta que las cadenas deben compartirse en bases de datos sin ningún tipo de control. Dicen que esto permitiría que grandes análisis que combinen cientos de miles de genomas de diferentes bases de datos fluyan sin problemas y, por lo tanto, ofrezcan resultados más rápidamente.

El debate llamó la atención de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH), que administran su propio repositorio de genomas, llamado GenBank, y de la Fundación Bill y Melinda Gates, que consideraron alentar a los donantes a compartir en sitios sin estas fuertes protecciones. Naturaleza Aprendió.

Pero muchos investigadores, especialmente aquellos en países con recursos limitados, se están retirando. Ellos dicen Naturaleza que ven potencial para la exploración en este enfoque sin ataduras, y que el control de GISAID es uno de sus mayores atractivos, ya que garantiza que los usuarios que analizan las cadenas de GISAID reconozcan a quienes las depositaron. La base de datos también solicita a los usuarios que busquen colaborar con los depositantes.

El temor al uso injusto de datos se ve acentuado por el hecho de que solo el 0,3% de las vacunas COVID-19 se destinaron a países de bajos ingresos. «Imagínese a los africanos trabajando tan duro para contribuir a una base de datos que se utiliza para fabricar o actualizar vacunas, y luego no tenemos acceso a las vacunas», dice Christian Happi, microbiólogo del Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Ede. , Nigeria. «Es muy desmoralizador».

Obtener crédito

GISAID es el repositorio más popular de secuencias del genoma del SARS-CoV-2, que contiene 1,4 millones de secuencias el 4 de mayo. Los investigadores en laboratorios desatendidos dicen que les da la oportunidad de participar en análisis de big data o hacer el suyo propio, debido a los términos de la plataforma sobre reconocimiento y colaboración. Sin esto, los investigadores como Ndodo temen que los frutos de su trabajo de campo y de laboratorio sean cosechados por científicos informáticos que no están cargados con tales tareas. El análisis de big data puede dar lugar a publicaciones de revistas de primer nivel, y esto, a su vez, puede conducir a lucrativas concesiones y patentes de tecnologías, como pruebas de diagnóstico y vacunas.

La investigadora Lavanya Singh maneja muestras en un laboratorio de genómica en la Universidad de KwaZulu-Natal en Durban, Sudáfrica. Crédito: Tulio de Oliveira y Paul Harris / KRISP en UKZN

África continental y América del Sur duplicaron con creces el número de secuencias de SARS-CoV-2 que contribuyeron a GISAID entre enero y abril de este año. Para los investigadores del Instituto Nacional de Investigación Biomédica (INRB) en Kinshasa, República Democrática del Congo, la decisión de compartir estas secuencias fue inicialmente difícil. Mientras trabajaba en Guinea durante el brote de ébola de 2014-16, un científico de alto nivel se alarmó al saber que todas las muestras recolectadas por investigadores africanos se enviaban fuera del país. La mayoría de los artículos científicos y las patentes sobre estas muestras fueron escritos por científicos de países ricos. Los laboratorios de Guinea no se han beneficiado de forma sostenible de este trabajo y hoy todavía no pueden secuenciar las muestras.

Por lo tanto, los investigadores de INRB fueron cautelosos al compartir los datos del genoma del SARS-CoV-2, dice Eddy Kinganda-Lusamaki, microbiólogo del instituto. Pero después de revisar los requisitos de crédito y colaboración de GISAID, Kinganda dijo que decidió compartir sus datos antes de la publicación.

Pero esta precaución va en contra del creciente movimiento del código abierto. El 4 de mayo, 778 científicos de universidades y compañías farmacéuticas firmaron una carta en línea pidiendo a los investigadores que pusieran las secuencias del genoma en el dominio público, el 99% de los cuales tienen su sede en Europa, Estados Unidos y Canadá. Rolf Apweiler, codirector del grupo que publicó la carta a fines de enero, el Instituto Europeo de Bioinformática cerca de Cambridge, Reino Unido, dijo Naturaleza, «La secuenciación no es para enriquecer la carrera de investigadores individuales, sino para combatir una pandemia».

Tulio de Oliveira, director de la plataforma de investigación e innovación y secuenciación de KwaZulu-Natal en Durban, Sudáfrica, está de acuerdo. Pero responde que el objetivo más inmediato para quienes secuencian el SARS-CoV-2 es guiar la respuesta al brote de su propio país, y que los gobiernos escuchan con más frecuencia a sus propios científicos.

Requisitos de acceso abierto

La carta de Apweiler recientemente llamó la atención del director de NIH, Francis Collins. En un correo electrónico del 21 de abril a docenas de científicos internacionales, compartido de forma anónima con Naturaleza – Collins tiene enlaces a la carta, junto con artículos de noticias sobre Naturaleza y Ciencias sobre las quejas sobre las políticas de intercambio de datos de GISAID. Él dice que los financieros de la salud global, como los NIH, están mejor posicionados para establecer estándares para compartir y solicita una reunión para discutir cómo mejorar el acceso a los datos mientras se protegen los intereses de los científicos que depositan los datos. Glenda Gray, presidenta del Consejo de Investigación Médica de Sudáfrica en Ciudad del Cabo, respondió en la cadena de correo electrónico que si se cumple un requisito de acceso abierto, muchos científicos dejarán de compartir rápidamente. «Si la persona no tiene cuidado», escribe, «sólo volverá al modelo de depósito de datos después de la publicación, lo que puede llevar meses o incluso años».

Collins no respondió a una solicitud de comentarios de Naturaleza.

La Fundación Gates también habla sobre el intercambio de datos. Dijo a los Centros Africanos para el Control y la Prevención de Enfermedades que, en el futuro, podría alentar a los beneficiarios a compartir sus resultados en bases de datos de acceso abierto, dijo Yenew Kebede Tebeje, microbiólogo de la agencia en Addis Abeba. Un representante de la Fundación Gates dice que GISAID o cualquier base de datos accesible es suficiente para compartir secuencias del genoma, pero no ha respondido Naturalezapregunta sobre los requisitos futuros.

Un editorial anónimo publicado el 4 de mayo en medio de las noticias en línea de Sudáfrica. LIO sostiene que un impulso de los países ricos por los datos abiertos es sospechoso, dada la frecuencia con la que no se reconoce a los científicos del Sur Global. «Una mentalidad neocolonial ha permeado durante mucho tiempo la comunidad científica», dice el editorial.

Sin embargo, el miedo a la explotación no cambió la opinión de Apweiler. «El enfoque en los países de ingresos bajos y medianos es extraño porque sus datos son relativamente pequeños», dice. África subió alrededor de 13.000 cadenas a GISAID y América del Sur cargó 14.000 cadenas, por ejemplo, en comparación con unas 380.000 solo en el Reino Unido.

Pero otros señalan que a medida que disminuyen las tasas de COVID-19 en Europa y Estados Unidos, es más probable que aparezcan variantes peligrosas en países de ingresos bajos y medios con pocas vacunas. Por lo tanto, se buscarán las secuencias de estos sitios, dice Nuno Faria, virólogo computacional del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad de São Paulo en Brasil y del Imperial College de Londres. Como investigadores brasileños compartieron datos sobre GISAID, señala Faria, se sabe que la variante P.1, que parece hacer que las vacunas sean un poco menos efectivas1, representa el 82% de todos los genomas de coronavirus secuenciados en el país. Y en Perú, donde P.1 también se está extendiendo, los investigadores dicen que si GISAID no ofreciera protección a los depositantes de datos, probablemente se compartirían menos.

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